中共中央，在整個抗日戰爭時期，始終牽掛着孤懸東北敵後的抗日聯軍，先後多次派出精幹人員穿越封鎖線北上，試圖重建組織聯繫，卻始終沒能建立起直接的聯絡通道。1934年中央紅軍開始長征，黨中央與東北黨組織的直接交通線就此中斷，此後東北的工作暫時由中共駐共產國際代表團代管。1936年，駐共產國際代表團撤銷中共滿洲省委，將東北黨組織拆分為多個省級組織，抗聯各部隊失去統一的領導中樞，再加上長期在深山密林轉戰，電台、密碼本在日偽的反覆圍剿中接連被毀，地下交通站被逐一拔除，到1937年全面抗戰爆發後，抗聯與延安的直接聯繫徹底中斷。
全面抗戰爆發後，延安一邊指揮關內的敵後戰場，一邊加急打通通往東北的交通線，從晉察冀、山東等靠近東北的根據地，挑選有長期潛伏經驗的交通員，分陸路、海路兩條路線北上聯絡。可所有的嘗試幾乎都以失敗告終，日偽在東北推行極為嚴苛的“治安肅正”計劃，鐵路、公路、渡口全部封鎖，村村實行保甲連坐制度，陌生人一進村就會被舉報，很多聯絡員剛踏入東北境內就被逮捕，有的在途中遭遇日偽巡邏隊犧牲。楊靖宇曾在1936年率領抗聯第一路軍西征，核心任務就是突入關內尋找黨中央，部隊在深山轉戰數月，始終沒能突破日軍的重兵封鎖線，最終被迫折返。
抗聯將士在白山黑水間孤軍奮戰，缺衣少食、彈藥極度匱乏，面對日軍持續不斷的重兵圍剿，部隊減員越來越嚴重，到1940年，抗聯主力已經不足千人。周保中、李兆麟等抗聯領導人被迫做出決定，分批率領剩餘部隊退入蘇聯遠東地區，在貝力、雙城子設立南北兩個野營進行休整。此時延安雖然通過共產國際，大致知曉抗聯部隊退入蘇聯境內的情況，卻依舊無法建立直接的人員和電台聯絡，只能繼續派人北上打探消息，派出的幹部要麼找不到抗聯的蹤跡，要麼被日偽抓獲，消息始終傳不出去、帶不回來。
1941年4月，蘇聯與日本簽訂《蘇日中立條約》，當時蘇聯已面臨德國的戰爭威脅，為避免陷入東西兩線作戰的困境，蘇聯必須極力避免刺激日本，公開承諾尊重偽滿洲國的所謂“領土完整”。收容抗聯、協助抗聯聯絡中共中央，一旦被日本方面知曉，就會成為日本進攻蘇聯遠東地區的借口，因此蘇聯只能對相關信息不公開、不聲張，並非主觀刻意隱瞞，只是受限於外交格局無法提供公開幫助，這也是外界產生誤解的主要原因。
1942年8月，在蘇聯的協助下，進入蘇聯境內的抗聯部隊整編為蘇聯紅旗遠東軍獨立第88旅，也被稱為抗聯教導旅。這支部隊名義上列入蘇軍序列，接受蘇軍的裝備和訓練，實際上仍由周保中、李兆麟等抗聯將領全權指揮，保留獨立的中共黨組織，將士們始終心系黨中央，多次嘗試通過各種渠道聯絡延安，只是受制於當時的外交環境和交通封鎖，始終沒能成功。蘇聯的核心考量，始終是保障自身遠東地區的安全，利用抗聯熟悉東北地形民情的優勢，收集日本關東軍的情報，並無阻撓抗聯聯絡中央的意圖。
在長達十餘年的時間裡，抗聯與中央相隔千里、音訊不通，卻始終堅守抗日的信仰，沒有放棄戰鬥；延安也始終沒有放棄尋找這支孤軍，一次次派人、一次次碰壁，從來沒有過絲毫鬆懈。中共中央與抗聯聯絡失敗，最核心的原因是日偽的殘酷封鎖，蘇聯的不便公開相助，只是特殊外交格局下的現實選擇。直到1945年8月蘇聯對日宣戰，抗聯教導旅隨蘇軍挺進東北，迅速佔領各大中城市，與延安派往東北的彭真、陳雲等幹部勝利會合，斷聯十餘年的組織關係才終於徹底恢復。